A historia gira em torno de um homem chamado Heartnet, que saiu um grupo que elite de assassinos chamado Tokino Banniin para se tornar um sweeper.
Nesse mundo há uma organização secreta, Chronos, que um terço do mundo através pd submundo, contrlando todo tipo de atividades, para manter o mundo em equilibrio do mundo. Chronos é essencial, e por isso é preciso pessas para protejer os os chronos , além das pessoas normais há elite especial de assassinos como armas feitas da orichalco conhecidas como chronos Numbers.Chrono Numbers tem seus numeros gravados no corpo do usuario e na arma. Existem 12 chronos numbers, mas quando Train Heartnet, um atirador de elite decide se juntar a chronos e suas causas o numero XII é encontra. Ninguem que foi alvo de train conhecido como Black Cat, por trazer má sorte, e seus rápidos movimentos e ataques, conseguiu sobreviver.O nome Black Cat se tornou mais temidos de todos os assassinos!!
Devido ao trauma de infância de Train, seu único objetivo é ser o melhor. Porém aconteceu algo inesperado que causou a sua derrota : o seu próximo alvo estava carregando uma criança no colo. A fração de segundo que ele perdeu pensando sobre isso lhe cusou muitos ferimentos sérios. Ele foi levado para casa e tratado por Minatsuki Saya, que também era um sweeper. Através de seu contato com Saya, Trains mudou drasticamente, uma mudança que o fez abandonar a Chronos. Mas um homem que o admirava obsessivamente, Creed Diskenth, não aceitou o fato de um assassino de elite ter mudado. Creed tentou matar Saya quando Train não estava por perto, mas Train chegou a ver a cena, mas não conseguiu pegar Creed.
Dois anos depois, Trains vira um sweeper, viajando com seu parceiro Sven Vollfied. Suas vidas como sweeper estão para ser mudadas quando um amigo do passado volta a aparecer.
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